一、风云变幻的历史见证
1928年国民政府定都南京后，即由孙科负责成立首都建设委员会，谋划首都建设和发展。外交部长王正廷建议：首都为中外观瞻所系，屋宇太差，有失国体，应首先撤造国府大门！在国府多个文件中有建造门楼的记载：1929年9月30日国府代理参军长贺耀组将有蒋介石批字的八○七號文送财政部，部长宋子文附“拟令财政部迅拨”，随后文官长古应芬代批“如拟”。很快第二一九二号文件下发：“呈为改建本府大门及大礼堂需工程款甚急，请鉴核转行财政部予拨发以利进行。”
在1929年10月8日第二八九号《国民政府公报》中，载有国民政府给财政部的九六七号训令：“案据本府代理参军长贺耀组呈称，案据总务局局长呈，以本府此次建造大门工程费洋二万九千四百五十余元，改造大礼堂工程费洋七千三百二十余元，业由经常费陆续垫付在案，惟以预算临时门修缮一项，每月只列三千八百元，相差悬殊，列报无从，且本府其它修葺整理各工程，在在需费，似此浩大工程之费用，应请转呈准予另行拨款，以利工程，理合抄附估单合同各一份，并检具改造大门图样及做法说明书，具文呈报，仰祈鉴核转呈备案，并请转行财政部拨款应用，一俟工程完竣，再行报请核销等情前来，查核所称，是属实在，且本府大门及礼堂，均应急予改建，以壮观瞻。现在礼堂已届竣工，大门亦积极改建，职处经费有限，虽经陆续垫用，不敷甚巨，而其他工程等项，亦急待拨款，以资接济，理合检附原呈各件，一并转呈，仰祈鉴核附准备案，并乞转行财政部迅将是呈建筑工程费，迅予拨发，以利进行，一俟工竣，再行专案报请核销，并此声明，伏乞指令只遵等情，附呈估单合同说明书图样各一件，据此，除指令呈悉候令饬财政部迅予拨发仰即知照附件在此令印发外，合极令该部即便将遵照，迅行如数拨发为要，此令。”此令涉门楼、礼堂和临时门三项工程，礼堂已届竣工，门楼还在积极改建中，但用款门楼多于礼堂。而“临时门”一说，似与临近的10月10日双十节典礼活动、政要出入国府大门，需穿过门楼工地多有不便有关，当时参军处要求门楼工地建一“临时门”做通道。
此次门楼工程由文达公司承建，绘图设计师姚彬，合同开工日期是9月5日，工程款先由参军处垫付，其后分五次付给。因为门楼结构简单、工程不大，施工从1929年9月10日开始，至12月20日竣工，历时100天。门楼上水泥制字、字面贴金的“国民政府”四字为行政院长谭延闿所写。
抗战胜利后，1946年国民政府“还都”南京，“国民政府”四字重装门楼。1948年5月“行宪”国大后，门楼上字改为周钟岳书写的“总统府”。
二、西式风格的近代建筑
因为门楼南立面装饰有8根罗马爱奥尼克式水泥柱，定下了门楼的西式风格。门柱底径0.77米，柱高7.71米，比例符合制式要求的1比9或1比10。柱身从上到下有半圆形的凹槽14条，两柱一组分别立于三个门洞外两边的长方形柱础上。柱顶高度与二楼顶台平，以一条挑檐收齐。挑檐在门楼正面横过，宽0.95米，长27.2米，与门楼横面长相比，挑檐在两头各向内收了1.10米。1949年4月23日解放军登上门楼，就是站在这个桃檐上拍照的。
总统府门楼共有三层，外部水泥立面，总高13.50米。一二两层外立面长宽相同，长29.40米，宽6.06米，为长方形；两层总高度为9.06米。二层顶上周边加砌水泥护栏，正中有一升旗预备室，是为第三层。
门楼有三孔门洞，中间的大两边的小，均为外圆内方、双扇镂空铁门。中门洞顶高6.40米，宽4.93米；两边的门洞均高5.40米，宽3.60米。三孔门洞顶部均饰拱心石图样。
一层东侧房间向北（府内）有一门一窗，向东两窗，此房间内沿东墙有由北向南而上一木制扶梯，材质为洋松，可上至二层。东门洞的西边又为一室，除向北一门一窗外，向东门洞里开一窗，以便观察出入情况。但从结构和功能上考虑，建造初期是否有此窗，存疑。门楼西半边房间与东半边房间对称。
2003年门楼维修时，恢复了东侧房间内的楼梯。据1980年代住宿在门楼上的职工回忆，当年上下门楼都是从西边楼梯，一度疑为只西边有楼梯。近日查得军管会总统府留用人员赵雍、丁绍兰手写报告一份，其中第13条：“大门内东扶梯间尚有军用品拟请即行清理处置”，旁证了东边原有楼梯。
二层内部空间，由贴南墙留出的走道，连接东西两侧上楼的楼梯。其余空间由6道墙7扇门东西向等距排列，分隔出7个房间。因正中门洞高于左右两侧门洞，中间房间的地坪便高出东西两边房间的地坪；而7间房间的顶高相同，因此中间房间内的空间高度要比两边的房间略矮。中间房间顶面下附有一条横梁，以加固顶上的升旗预备室。
正中房间内沿南墙有一木扶梯，由东向西上行，可登至第三层升旗预备室。室内紧贴南墙正中，可见由顶上穿插下来的旗杆下半部，由铁条匝紧生根牢固，旗杆上半部则是伸出室顶。东墙一窗，西墙一门，出门可达二层顶台。
二层顶台上有一条贴地反梁，东西向横贯整个顶台，将顶台地面分为南北两个长方形。升旗预备室北墙上有一露天水泥扶梯，简易铸铁扶手，沿墙由西向东斜向而上，可达三层顶部。
升旗室顶台是门楼的最高点。南面水泥护栏墙中间高两边低，向两边依次5级退层，营造出两边对称的女儿墙。中间伸向天空的旗杆高约10.18米，仰头可视。原旗杆顶上有生铁铸造的旗杆球头，后被日军掠走。近年有抗战文物征集者，从日本高价购回，现在腾冲滇西抗战博物馆中展出。
三、挥之不去的传统基因
国民政府建立初期，即编撰出版了《首都计划》，特聘美国人茂菲、古力治为顾问，按照新颁布的《建筑法》和《营造业管理登记条例》等，在南京城内推进城市近代化建设。同时，一大批学有所成的建筑师，满怀报效祖国的热情，从国外回来，设计、建造了许多西式风格的建筑。
尽管民国建筑表现出西式的面孔，在当时成为新鲜事物，引为建筑理念之时尚，与中国传统建筑呈相背之势。但是，经过90多年的沉淀，以今天的眼光来审视，其实民国时期的西式建筑，无论形式如何千变万化，其骨子里从来都是充满着传统基因和不经意间流露出的中式符号。
总统府门楼也不例外。如果除去二层之上的升旗预备室，门楼便是一个典型的中式城门，在方方正正的城墙上，开启着三樘拱门，这样的城门在中国稍有年代的古城都可见到；即使顶上加盖了一个升旗预备室，也是传统的大一统思想表现：中间高两边低，左右对称，江山永固，天子万年；门楼的爱奥尼克式立柱，并不起物理上的支撑作用，不过是一个外粘上去的装饰物；门前的一对石狮，是清两江总督署时期的遗物，与立柱摆在一起，没有人认为是张冠李戴、风马牛不相及，反到觉得顺理成章、自然而然，这是中国社会从本质上没有把西式理念当作主宰的随性；而材料上的城砖碎石和竹筋木条，与西方的钢筋水泥、石条铸铁相比，造就了两种不同的系统。这样的情况在民国时期其它西式建筑上也很常见，如总统府主计处楼有许多水泥制作的挂落，国民大会堂会议室门上的传统纹饰，一度占据主流的大屋顶式建筑。
以上所述，是建筑中表现出的中式元素，那么在官府建筑基础上，具有不可违逆的是建筑的“基因”作用。1917年5月冯国璋在府内建造了一批西式建筑，从单体上来看，西式的定义毫无疑问，但从关系上来说，遵循中国府衙的进深式，把西方横向排列的建筑，归化为纵向递进。所谓“民主”和“集权”在建筑上的不同表现。
总统府门楼具有同样的传统基因。总统府门楼朝向东南，这样的朝向，造成了门前左（东）右（西）两边人行道不同的状况。至今左边的人行道，可以直接通到门楼，而右边的人行道却接在了门楼的西墙上，成为撞墙式死路。门楼的朝向是因为风水上考虑，要迎着东南而来的杨吴城濠。民国建筑并不一定强调风水，但门楼却是建造在原两江总督署的大门旧址上，并与门内的东西朝房等在位置上形成“配套”，而两江总督署的“官界”“旧基”是有着严格的“堪舆”，门楼的朝向在有意无意中继承了这个传统基因。
四、古建修缮的世纪课题
门楼曾有过两次较大维修。前一次是2003年以前，主要是根據相关资料，把门楼的面貌复原成民国时期的样子，包括重装“总统府”三个字、安装铁门和修饰外立面等，属面子工程。后一次是2012年10月开始，整个门楼的“接骨疗伤”，包括裂缝处理、脱落修补和钢网护墙等内里加固等等，属里子工程。
前次维修中，因长期以来对门楼缺乏文保意识，随意钉挂管线字牌，有人计数过，仅正面墙上就有近百处破损。要想避免修补时造成的材料色差，难度相当大。2002年7月至9月，由金坛兴业古典建筑工程公司对脱落的巴洛克饰条、损坏的外立面进行了修复。
复制铁门是根据1928年8月设计师姚彬拟订的《国民政府参军处总务局建筑大门招商投标说明》等资料，确定原铁门为双扇、黑色、铸钢、镂空和铆接工艺，由晨光集团艺术制像公司复制安装。仅设计图纸就有110多张，150多种3000多只零部件，5700多个榫头， 3000多个铆钉孔。采用榫接和铆接结合的办法装配完成。中门高6.095米，宽4.850米，两扇合重5吨。东西边门高5.167米，宽3.538米，两扇合重3吨。民国时期留下来的18个铰链支撑预埋件由东南大学建筑专家进行可靠性检测后，仍然保留使用。3樘大门于2003年1月22日安装成功，整个大门修缮耗资52.6万元。
后一次维修，是对超过使用期限的钢筋水泥建筑进行保护的探索。2012年7月门楼上突然脱落下一大块水泥，落在地上砸得粉碎，差点酿成重大事故。经过检验，发现门楼墙体布满了长短不一的裂缝，更有许多部位表层脱落。在报请文物部门批准后，门楼周围搭起了工程脚手架，并于10月16日连旗杆在内，整体披上绿色的防护网。
以砖石水泥支撑的建筑，往往都是从内部开始老化，而一旦看见损坏时，就意味着内部结构已经出现严重问题。目前国内许多民国建筑都经历了八九十年的历史，亟待整修，而对于这类建筑的整修还处在一个探索阶段。此次门楼的大修非常慎重，很多尝试都取得宝贵的经验。
从脚手架爬上门楼，平时只能从下面仰望的爱奥尼克式柱头，此时伸手可触。不料轻轻一拉，门头上的水泥线条就脱落下来，里面衬底的竟然是木条和竹片，这是中国传统的“竹筋土墙”做法。而当剥开门楼隔墙墙面泥灰时，露出的是大小不一的砖头和碎石，让人颇感意外。由此颠覆了门楼为钢筋水泥结构的概念，仅仅是砖混而已！
首先对门楼内部的建材进行探测、取样，科学地配出修缮材料。对墙体上小于1.5毫米的裂缝进行灌浆填充，大于1.5毫米的裂缝采用特殊物质修补。特别是采取了贴墙面网的做法：即将墙面泥灰铲除后，在整个墙面贴上专门的钢网，在墙的另一面对应贴上同样的钢网，用螺栓穿过墙体将两张钢网固定起来，再粉刷上水泥和涂料。
根据门楼老照片，将门楼上先前封闭式的围栏，改成了1932年门楼老照片上所呈现的通透式栏杆。2013年1月10日，修复完成的门楼除去防护网，以崭新的面貌出现在人们眼前。